C:\Documents and Settings\*пользователь*\Application Data\Hamachi (в XP)
C:\Users\*пользователь*\AppData\Roaming\Hamachi (в Vista)

Папка Application Data (или AppData) невидимая, поэтому заходим и включаем в свойствах папки "Видеть скрытые файлы и папки".
Наша задача сделать резервную копию папки Hamachi.
Папка же с самой программой ни капельки не важна. Кроме того, вы можете создать несколько аккуантов, просто удаляя и восстанавливая нужные файлы в данной папке. Главное - резервные копии.

После создания резервной копии переустанавливаем винду, ставим хамачи, восстанавливаем скопированные файлы в нужную директорию.
Ничто не помешает так же перенести свой аккуант из XP в Vista и наоборот.